次世代シークエンサは，従来法と比べて桁違いに大きいデータ量と網羅性を持ったスループットの高い最上位の遺伝子解析技術である．コロナ禍を経て臨床微生物検査における遺伝子検査の活用が前進し，新型コロナウイルスの変異株が注目され病原体ゲノム解析の意義への理解が進んだ中，近未来の感染症診療には次世代シークエンサの活用が期待される．本稿では次世代シークエンサが感染症診療に果たしうる役割を診断，治療，制御の各局面で整理し，その課題について展望する．