滅菌対象の器材が、耐熱性か、非耐熱性かによって、滅菌方法の適用は大きく2つに分けられますが、各滅菌方法において、さらに細かく滅菌条件を分けることは、おっしゃるとおり、非現実的です。特殊な場合を除いては、各滅菌方法においては、添付文書に記載されている注意には従う必要がありますが、非現実的使い分けは避けるべきでしょう。納入した各滅菌器メーカーの技術者に相談して、余分な日常的手間は省いてください。