消毒薬は決められた濃度で、接触時間と温度が限定された状況で常に同一の効果を示さなければなりませんが、次亜塩素酸水は酸性電解水の総称であり、製造条件により様々な残留（有効）塩素濃度のものが精製されます。さらに、紫外線や有機物により容易に不活性化してしまうため、消毒薬としての認識は不適切です。

酸性電解水は「手指の殺菌洗浄」として一部の製造機が薬事法認可（医療用具認可）を取得したことから医療現場において使用されていた経緯があります。その後，多くの企業が参入し，様々な機種が登場したため，酸性水の性状，効果，殺菌機構および生成装置の仕様は統一性を欠いています。

認可を受けた手指消毒用の酸性水製造装置は、流水式で2分間、手指全面に酸性水がかかるように洗うこととなっており、指先や爪下に菌が残るので注意が必要と説明されていました。手洗いでは予め石鹸などで確実に汚れや皮脂を洗い流してから使用しないと殺菌効果は期待できません。また手荒れを生ずることがありますので、スキンケアを十分行うように指導されています。　

次亜塩素酸水は残留（有効）塩素濃度が低く、一部の製品を除いて多くは50ppm以下であり、有機物により容易に不活性化されてしまいます。たとえば通常の酸性水の場合には酸性水 1Lに対して有機物 1mL（すなわち 0.1％の濃度）が混入するだけで普通の水となってしまう非常に不安定な物質です。さらに、保存した場合には条件次第ではかなり有効性が失われてしまいますので、手洗いに使用する場合には生成直後のものを流水式で使用するのが基本です。手などの表面には有機物が多く存在していますので、次亜塩素酸水では確実に除菌できません。